Ziyi Zhou's Blog

人间有味是清欢

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《格致余论》：“阴阳交媾，胎孕乃凝。” 《温疫论》：“温邪上受，首先犯肺，逆传心包，肺主气属胃，心主血属营，辨营卫气血虽与伤寒同，若论治则与伤寒大异也。” 自我介绍 姓名：雪菲菲 年龄：21岁 出生地：上海 就读学校：上海中医药大学 专业：中医学 秋分23：...

Posted by Ziyi Zhou on September 23, 2021

关于唯一比对和序列冗余

Unique mapping & Duplicates

技术服务于思想 比对 高通量测序要么是为了拼接组装出一套完整的基因组，要么是为了得到感兴趣区域的序列信息，对于后一种情况，我们需要利用比对这一手段来确定序列在基因组的位置。二代测序常用的比对软件有BWA、Bowtie2、SOAP等。 基因组上存在大量序列重复的片段，它们在测序、比对时都会...

Posted by Wenlong Shen on April 8, 2020

关于人类基因组的一些说明

Reference genome

参考参考 GRC 人类基因组计划之初，曾试图勾勒出一套完整的、一致性的基因组序列图谱，但无论是测序技术、组装算法还是基因组本身的多样性问题，都让这套“纯粹的”参考基因组无法实现。目前的人类参考基因组由Wellcome Sanger Institute、EBI、NCBI等多家研究机构成员组成...

Posted by Wenlong Shen on March 26, 2020

宏基因组常用分析流程简介

Pipelines for metagenomic data analysis

比对鉴定，拼接组装，功能分析 我们简要介绍两个常用的宏基因组数据分析工具包。 bioBakery workflows bioBakery来自于The Huttenhower Lab，开发者们提供了多种多样的宏基因组数据分析工具，特别地，搭建了一套workflow以用于处理16S、宏基因组...

Posted by Wenlong Shen on March 3, 2020

宏基因组分析方法初探

From sampling to analysis

探究微生物组，解构身边熟悉的陌生环境 随着测序通量越来越高，价格成本越来越低，痕量微生物也难逃深度测序的挖掘。在高通量测序技术的辅助下，宏基因组学研究飞速发展，十多年来，在环境微生物鉴定、共生菌研究、营养学研究、肠道微生物对人体生理影响等方面取得了诸多进展。 一个标准的分析流程通常包括以下...

Posted by Wenlong Shen on February 25, 2020

逝者已逝，来者未来

Death and birth

小老鼠被小猫猫带走了 房门口卧着一只猫，黑白相间，皮毛顺溜。开门的一瞬间便盯着我老婆喵喵叫，老婆吓了一跳，走回卧室，小猫猫也跟了进来，喵喵喵… 我赶紧抱起它送到门外。摸摸它柔软的小肚子，只好默默去抽屉里拿根牛肉干出来。 一路连哄带骗把小猫猫带出去。从医院回来的路上还去超市买了猫粮，打算当...

Posted by Wenlong Shen on October 22, 2019

搭建基于Docker的Tensorflow+Cuda环境

Walks

机器学习已是大数据分析的必备手段，我们尝试在Linux（Ubuntu 18.04）下搭建一个基于Docker的Tensorflow+Cuda环境，以用于学习、试验等。 关于Docker的安装和使用请参考我以前的博客内容。我们这里使用的是Tensorflow 1.12，使用前还需查看其对G...

Posted by Wenlong Shen on January 16, 2019

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